北京市中医管理局内设机构包括四个关键部门，各司其职，共同推动中医药事业的发展首先，办公室负责全局的政务工作，包括起草中医药相关法规，处理日常行政事务，如文电管理会议组织机要保密档案管理等它还承担政策研究信息传递信访议案建议保密工作以及对外事务等，确保机构高效运行，并负责。
北京市中医管理局的主要职责是全面执行国家关于中医药中西医结合以及民族医药的法律法规，其中包括制定本地相关法规和规章，并确保其有效实施该机构负责统筹本市中医药资源的配置，参与中药产业的规划和促进政策的拟定，以推动中医药的全面发展同时，他们致力于保护和传承濒临消失的中医诊疗技术和中药生产。