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武汉市环境保护局为了履行其职责，内部设有如下八个关键部门1 办公室作为局内的核心协调部门，负责日常管理和行政事务的处理2 财务处兼市环境保护委员会秘书处负责财务管理以及与环境保护委员会的沟通与协调工作3 政策法规处主要负责环保政策的制定与解读，确保各项工作的合法性4。

根据上述职责，市环境保护局设8个内设机构一办公室二财务处市环境保护委员会秘书处三政策法规处四环境影响评价处五污染防治与控制处六自然生态保护处七科技监测处八政治处纪检监察机构机关党委按照章程和有关规定设置。